Cada aplicação é armazenada em uma pasta com o mesmo nome da aplicação na pasta Projects do diretório de instalação do Elipse Mobile. Esta pasta contém um arquivo de configuração e uma pasta medias contendo as imagens usadas na aplicação.

Para realizar um backup de uma aplicação, copie a pasta correspondente para outro diretório. Esta pasta pode ser colocada na pasta Projects de um outro Elipse Mobile. Também é possível copiar apenas a pasta medias de uma aplicação para outra.