Cada Aplicação é armazenada em uma pasta com o mesmo nome da Aplicação na pasta Projects do diretório de instalação do Elipse Mobile Server. Esta pasta contém um arquivo de configuração e uma pasta medias contendo as imagens usadas na Aplicação.

Para realizar um backup de uma Aplicação, copie a pasta correspondente para outro diretório. Esta pasta pode ser colocada na pasta Projects de um outro Elipse Mobile Server. Também é possível copiar apenas a pasta medias de uma Aplicação para outra.