O Organizer permite uma visão simples e organizada de toda a aplicação, ajudando na edição e configuração de todos os objetos envolvidos na aplicação através de uma árvore hierárquica de opções. Possui os modos de visualização Domínio e Explorer.

Janela do Organizer em modo Domínio

O modo Domínio mostra apenas as informações dos objetos abertos pertencentes ao Domínio, organizados nos grupos Configuração, Bibliotecas de Objetos, Visualização e Objetos de Servidor.

O modo Explorer mostra projetos e bibliotecas abertos no Elipse E3 Studio, pertencentes ou não ao Domínio. Os objetos são mostrados no projeto ou biblioteca ao qual pertencem, ordenados alfabeticamente dentro de cada projeto ou biblioteca.