O E3 Tweak é uma pequena e simples ferramenta de configuração avançada para o E3, que está presente a partir da versão 3.1. A grande finalidade é introduzir uma interface gráfica para todas aquelas configurações que até então só poderiam ser realizadas através do Editor do Registro do Windows.

O E3 Tweak é apresentado em uma janela com itens de configuração dispostos em uma estrutura de árvore. Os itens são classificados conforme a área na qual suas configurações atuam, E3 Server, E3Run, REC, Logs e Filtro COM.