A arquitetura interna do E3 é totalmente escalável, com cada tarefa principal sendo executada por um serviço separado. O diagrama a seguir mostra uma visão geral dos principais blocos.

Diagrama dos blocos que compõem o E3

Detalhadamente, o E3 Server é responsável por criar um processo de execução (E3Run) que vai efetivamente executar a aplicação. Dentro do E3Run encontram-se outros servidores, que expõem serviços utilizados por outros módulos.