É possível não plotar o valor de um Tag quando a qualidade estiver ruim, em um E3Chart histórico?

Sim. Utilizando scripts é possível configurar o E3Chart da seguinte forma:

Set Pena = Screen.Item("E3Chart1").Pens
Pena.Item("Nome da Pena").ShowBadPoints = False

Observe, no entanto, que esta solução somente é válida para valores históricos. Em tempo de execução, o valor é sempre plotado, independente da qualidade do Tag.