O E3 Admin pode ser fechado sem precisar fechar o E3 Server, através da opção Fechar E3 Admin. Quando isto acontece, o E3 Server continua executando, mas nenhum ícone aparece na Área de Notificações do Windows. Neste caso, quando o E3 Admin não está aberto, as mensagens de erro aparecem como caixas de mensagens a todos os usuários logados, e ativos, na máquina executando o E3 Server.

A qualquer momento, o E3 Admin pode ser reiniciado para controlar o E3 Server em execução, bastando para isto iniciar o E3 Admin sem nenhum parâmetro. O instalador também cria um atalho para abrir o E3 Admin diretamente.