Existem configurações do E3 que podem ser realizadas diretamente no Registro do Windows, embora esse procedimento não seja aconselhável. A Elipse Software possui uma ferramenta, chamada E3 Tweak, que realiza as configurações de registro usando uma interface gráfica. O Manual do Usuário do E3 Tweak pode ser aberto pelo menu Iniciar do Windows. O aplicativo E3 Tweak pode ser aberto das seguintes formas:

•Pelo menu Iniciar do Windows

•Pelo menu Ferramentas - E3 Tweak do E3 Studio

•Pelo item Atalhos - E3 Tweak do menu do E3 Admin na Área de Notificação do Windows